En 1942, durante los festejos por los 50 años de la creación del Instituto Libre de Segunda Enseñanza, primer colegio dependiente de la UBA, se fundaba la Asociación de Ex Alumnos. Su primer Presidente fue Lucio V. López(h), promoción 1894, destacado médico psiquiatra (un premio de la Academia Nacional de Medicina lleva su nombre), nieto de uno de los fundadores del Instituto, Vicente F. López, quien también fue profesor en historia de nuestro colegio. En esa ocasión fueron nombrados Vicepresidentes de la Asociación de Ex Alumnos el diplomático Jorge Lavalle Cobo, promoción 1894 y Adolfo Bioy, promoción 1898, abogado, escritor, Presidente de la Sociedad Rural Argentina, Ministro de Relaciones Exteriores y padre del exalumno Adolfo Bioy Casares, promoción 1931, Premio Cervantes de Literatura. Adolfo Bioy escribió Antes del 900, libro que narra en varios capítulos sus pasos por el colegio. Esa Comisión Directiva contó también con Lucio Moreno Quintana, abogado, diplomático ante la ONU, Juez de la Corte Internacional de la Haya y Decano de la Facultad de Derecho de la UBA y Enrique Drago Mitre, Presidente del diario La Nación. En el acto por el Cincuentenario hablaron Lucio V López, quien recordó a su abuelo fundador y Rodolfo Moreno, abogado, periodista y Gobernador de la Provincia de Buenos Aires en 1941.
El Instituto Libre de Segunda Enseñanza cuenta entre sus egresados con el Presidente de la República Roberto Ortiz, El Premio Nobel de la Paz y Rector de la UBA durante los festejos del 50 aniversario, Carlos Saavedra Lamas, el Senador Nacional Matías Sánchez Sorondo, el Premio Cervantes de Literatura Adolfo Bioy Casares, el arquitecto Amancio Williams, considerado uno de los más importantes de la primera mitad del siglo XX y el médico Enrique Susini, que fue además compositor, director de cine y pionero de la radiodifusión mundial.
El 16 de mayo de 1999, durante el festejo de los 107 años de la Fundación del Colegio, se constituyó la Asociación de Ex Alumnos del ILSE en forma definitiva, tras varios intentos a lo largo de su historia. Llevamos más de 20 años de presencia continua, recopilando nuestra historia y aportando todo nuestro potencial al Instituto. Han sido sus Presidentes, desde 1999, la arquitecta Enriqueta Meoli Rivarola, el arquitecto Fernando Ferreyra, el arquitecto Gonzalo Serra Rojas, el arquitecto Fabián Loyato, el escribano Enrique Moscolo y el licenciado en psicología Guillermo Pietra Figueredo. Actualmente la asociación es presidida por el arquitecto Fernando Ferreyra.